Durante muchos años existió confusión y Huehuetenango recibió indistintamente el nombre de departamento y distrito hasta que, en decreto de 8 de mayo de 1866, se acordó nominar departamentos a los territorios de: Huehuetenango, Petén, San Marcos, Izabal y Amatitlán. El decreto fue dado por el gobernante del país don Vicente Cerna.
Primero, fue creado como un departamento del Estado de Los Altos, y no es hasta 1877 que queda definido como departamento independiente.
Antes de Huehuetenango, la Cabecera Departamental fue Chiantla, durante varios años. Durante la colonia, Huehue formó parte de la Alcaldía Mayor junto a Totonicapán. Esta división se mantuvo hasta luego de consumada la independencia. Durante el gobierno de Justo Rufino Barrios se inicia una serie de cambios socioeconómicos, como la colonización del norte del departamento y la apertura de otras zonas para desarrollar cultivos comerciales como el café. Más tarde se agilizó la construcción de vías de comunicación interna a través del trabajo forzado. Esta red carretera ha servido de base para las actuales arterias de intercomunicación departamental y algunos tramos, como el camino de Aguacatán, que se mantiene con su puente de piedra original.